FCgene +Активация Скачать бесплатно [Updated]

FCgene - Получите доступ к образцам только с несколькими SNP, для которых контроль качества не прошел или были опущены - Пользователь может ввести необработанные данные генотипа, предоставленные GATK для преобразования - Он также позволяет конвертировать вмененные файлы данных (также из GATK) - Имеет интерфейс, позволяющий модифицировать статистику генома и гаплотипов - Доступ ко всему программному обеспечению импутации источников с использованием двоичных файлов PLINK - Включает плагины фильтров для фильтрации SNP в образцах пользователя. - 3 инструмента для подготовки файлов FASTA: конвертировать, редактировать, сравнивать - Дополнительные инструменты для выполнения многопоточности для выполнения вменения в больших коллекциях - Быстрое исполнение - Поддерживает вменение различных форматов данных (поддерживаются не все форматы программного обеспечения вменения) - Поддерживаются файлы FASTQ - Поддерживаются файлы FASTA История выпуска FCgene Версия 1.0.0, декабрь 2011 г. Поддерживаемые форматы двоичного вывода PLINK: двоичный PLINK, PLINK XML Поддерживаемые форматы двоичного вывода GATK: двоичный GATK, GATK XML Поддерживаемые выходные форматы импутации GATK: GATK MACH, GATK IMPUTE, ГАТК БИГЛЬ, ГАТК БИМБАМ Поддерживаемые параметры командной строки Поддерживаемые параметры GATK: -u для пользователя и -i для ввода Поддерживаемые параметры PLINK: -h для справки и -f для списка файлов фильтрации. Ключевые слова FCgene Открытый исходный код геном ссылка Население Генотип SNP геном Идентификатор идентификатор Иллюмина rsid rsid FASTQ ФАСТА Контроль качества Качественный Контроль качества Контроль качества Контроль качества контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества контроль качества контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Контроль качества Качественный FCgene был разработан с целью решения проблемы преобразования данных генотипа, отформатированных в PLINK-подобном наборе данных, в новый формат FASTA для программ импутации, подобных PLINK, IMPUTE и BEAGLE. Приложение также позволяет преобразовывать наборы данных FASTA, отформатированные программным обеспечением IMPUTE, MACH и BEAGLE, обратно в данные PLINK. Он поддерживает вменение SNP и связанных с ними STR (повторяющихся элементов) в плотных геномных областях из выходных данных PLINK. Другие функции приложения включают возможность экспорта преобразования в простой текстовый файл для воспроизведения входных параметров генотипа в стороннем программном обеспечении. Это позволяет пользователю хранить всю информацию в одном файле. Преобразование между форматами PLINK, PLINK-like, IMPUTE и BEAGLE: FCgene использует преимущества формата FASTA, определяя некоторые специфические атрибуты, необходимые для разбора входных данных PLINK. Он был разработан для использования этих характеристик для преобразования файлов PLINK в FASTA. FCgene поддерживает преобразование файлов PLINK в форматы, подобные PLINK, MACH, IMPUTE и BEAGLE FASTA. Преобразование файлов PLINK в FASTA достигается путем определения соответствующих атрибутов FASTA, необходимых для анализа файлов, подобных PLINK, MACH, IMPUTE и BEAGLE. Преобразование наборов данных в формате FASTA в PLINK достигается путем определения атрибутов FASTA для анализа выходных файлов PLINK. FCgene преобразует SNP и STR, связанные вместе, в цепочку STR. Существуют варианты применения преобразования только к хорошо вмененным SNP или к вмененным и не вмененным SNP. Экспорт: Пользователь может экспортировать все преобразование или только преобразованный набор данных в обычный текстовый файл. Алгоритм Алгоритм преобразования, реализованный в FCgene, можно разделить на четыре шага: Шаг 1: Преобразование данных PLINK в FASTA FCgene анализирует входные данные PLINK и рассматривает атрибуты, необходимые для анализа этого конкретного типа файла. Каждый атрибут PLINK связан с соответствующим атрибутом FASTA. Частота ошибок для каждого атрибута и качество преобразования оцениваются FCgene и сохраняются в файле статистики под названием «FCgene_Stats.txt». Шаг 2: Преобразование FASTA в PLINK-подобный На этом шаге PLINK-подобный ввод fb6ded4ff2

FCgene +Активация Скачать бесплатно [Updated]

Recent Posts

Comments